Βέβαια, στη συνθήκη οριζόταν ξεκάθαρα ότι πολίτευμα του ελληνικού κράτους θα ήταν η μοναρχία και έτσι για τη θέση του μονάρχη οι συμβαλλόμενες χώρες επέλεξαν τον πρίγκιπα Λεοπόλδο του Σάξεν-Κόμπουργκ και Γκότα, μετέπειτα βασιλιά του Βελγίου. Η άρνηση του Λεοπόλδου να καθίσει στον θρόνο του ασήμαντου βασιλείου δρομολόγησε μια σειρά εξελίξεων που έφεραν στην κενή θέση του μονάρχη τον δεκαεπτάχρονο Βαυαρό Όθωνα. Η επιλογή του δεν υπήρξε δίχως προβλήματα, μια και καμιά από τις τρεις Προστάτιδες – όπως είχαν ονομαστεί ήδη – Δυνάμεις, περισσότερο δε από όλες η Αγγλία, δεν ήταν σύμφωνες με αυτήν την επιλογή. Να σημειώσουμε σ’ αυτό το σημείο ότι αιτία της τοποθέτησης του Όθωνα στον θρόνο υπήρξε ο φανατικός φιλελληνισμός του πατέρα του, Λουδοβίκου. 

 

Στις 27 Μαρτίου / 8 Απριλίου, οι πρεσβευτές των τριών Δυνάμεων κοινοποίησαν στην Πύλη το περιεχόμενο του Πρωτοκόλλου του Λονδίνου, που υπεγράφη στις 3 Φεβρουαρίου. Στις 12/24 Απριλίου η Πύλη απάντησε προς τους πρεσβευτές ότι αποδέχεται το Πρωτόκολλο και κατά συνέπεια τις αποφάσεις που αυτό περιέχει. Με αυτήν την πράξη, η Τουρκία αναγνώρισε την ανεξαρτησία της Ελλάδας. 

 

Ταυτόχρονα, στις 27 Μαρτίου / 8 Απριλίου οι αντιπρέσβεις κοινοποιούσαν επίσημα και στην ελληνική κυβέρνηση το Πρωτόκολλο της 3ης Φεβρουαρίου 1830, με το οποίο αξίωναν και από αυτήν την αποδοχή ορισμένων μέτρων. Πρώτον, την επίσημη δημοσίευση της ανακωχής, δεύτερον, την εκκένωση από τον ελληνικό στρατό και τον ελληνικό στόλο των περιοχών και των νησιών που δεν περιελήφθησαν στο έδαφος του ελληνικού κράτους και, τρίτον, την εγγύηση της προσωπικής και κτηματικής ασφάλειας των μουσουλμάνων που θα επιθυμούσαν να διαμείνουν στην Ελλάδα. 

Ωστόσο, ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν μερικές επισημάνσεις ακόμα που ζητούν «η Ελλάς, εκπληρούσα αυτά μετά σπουδής, θέλει αναφανεί… άξια των προς αυτήν ευεργετημάτων». Πιο κάτω συνεχίζει η διακοίνωση: «Η Ελλάς οφείλει την ύπαρξήν της εις τα παντοία διαβήματα, τα οποία επιδαψίλευσαν εις αυτήν αι τρεις Δυνάμεις. Ελευθερώσασαι αυτήν, έλαβον υπό την άμεσον προστασίαν των και την διέσωσαν από τον αναπόδραστον όλεθρον· διά τούτους τους λόγους προσεκτήσαντο θετικά δικαιώματα εις την εκ μέρους των Ελλήνων τελείαν και πρόθυμον προσχώρησιν εις τα δεδογμένα». 

 

Ευθύς αμέσως, ο Καποδίστριας βρέθηκε αντιμέτωπος με τη διακοίνωση των αντιπρέσβεων που δίχως περιστροφές αναφέρουν ότι το νεοσύστατο κρατίδιο οφείλει να υπακούει στη θέληση των τριών Δυνάμεων που απελευθέρωσαν τον τόπο. Η Ελλάδα, το δίχως άλλο, δεν έχει καμιά δυνατότητα διαπραγμάτευσης, γιατί εκτός των άλλων είναι ολωσδιόλου εξαρτημένη και οικονομικά από τις Δυνάμεις. Έτσι, ο κυβερνήτης υπογράφει τους δυσμενέστατους όρους, κυρίως εκείνους που κάνουν λόγο για τα σύνορα της Ελλάδας και τη ρητή απαγόρευση επέκτασής τους, σύμφωνα με τη θέληση των Δυνάμεων. Εδώ καλό είναι να τονίσουμε το δυσμενές διεθνές περιβάλλον για αλλαγές συνόρων, όπως αυτό προέκυπτε από τη συμφωνία των Μεγάλων Δυνάμεων από το 1815. 

 

Ο Καποδίστριας αφού πρώτα υποβάλλει το πρωτόκολλο της 3ης Φεβρουαρίου στη Γερουσία, αυτή παμψηφεί εγκρίνει τις θέσεις του και τις απαντήσεις του προς τους αντιπρέσβεις και την υποβολή με ιδιαίτερο υπόμνημα των παρατηρήσεών του για το Πρωτόκολλο. Με αυτόν τον χειρισμό, ο Καποδίστριας υποβάλλει την απάντησή του με τον πλέον επίσημο τρόπο και την αμέριστη συμπαράσταση της Γερουσίας, και, από την άλλη, η Γερουσία αφήνει ανοιχτό το ζήτημα της στάσης της Ελλάδας απέναντι στις καθ’ έκαστα διατάξεις του Πρωτοκόλλου.

 

Στην απάντησή του, ο Καποδίστριας εξαίρει την αναγνώριση της ανεξαρτησίας της Ελλάδας, ωστόσο δεν χάνει την ευκαιρία να υπογραμμίσει τη δύσκολη θέση του σχετικά με την «τελείαν και πρόθυμον των Ελλήνων προσχώρησιν εις τα δεδογμένα» που ζητούσαν οι αντιπρέσβεις. Επίσης, ο Καποδίστριας σχολιάζει διπλωματικότατα την επιβολή μοναρχικού πολιτεύματος από τις Μεγάλες Δυνάμεις και διεκδικεί υπέρ του έθνους και του λαού τα συνταγματικά δικαιώματα που είχαν θεσπιστεί από τις Εθνικές Συνελεύσεις. Αφού προχωρά σε αυτές τις επισημάνσεις, ο Καποδίστριας προσθέτει και την έκφραση ευγνωμοσύνης και εμπιστοσύνης της Ελλάδας προς τις Μεγάλες Δυνάμεις.

 

Στην ίδια απάντηση, ο Κυβερνήτης προβάλλει τη νομική του αδυναμία για πλήρη αποδοχή του Πρωτοκόλλου τονίζοντας ότι δεν θα διστάσει να συγκαλέσει το συντομότερο την Εθνική Συνέλευση ώστε να φανεί αν οι πληρεξούσιοι του λαού δεχτούν συνολικά το Πρωτόκολλο, αντίθετα με τη γνώμη και την εντολή του λαού των επαρχιών τους… 

Με δυο λόγια, ο Καποδίστριας εμφανίζει τη χώρα να αποδέχεται κατ’ αρχήν το αίτημα των αντιπρέσβεων για εκκένωση των έξω των συνόρων καθορισθέντων επαρχιών, έτσι ώστε να αποφευχθεί η πολιτική ρήξη με τις τρεις Μεγάλες Δυνάμεις, πρακτικά ωστόσο αναβάλλει αυτήν την εκκένωση, με την προοπτική να ματαιωθεί τελικά, όπως και έγινε, επειδή ο Κυβερνήτης έθεσε ως όρο για την πραγματοποίησή της την προτέρα αποχώρηση των Τούρκων από την Αττική και την Εύβοια, την παρουσία επιτόπου ξένων οροθετών και την εξασφάλιση από την ελληνική κυβέρνηση μέσων, αρκετών για την αντιμετώπιση του προσφυγικού προβλήματος που θα δημιουργούσε η εκκένωση των έξω των συνόρων περιοχών και το οποίο έντεχνα επισημαίνει ο Καποδίστριας στις τρεις Μεγάλες Δυνάμεις. 

 

Για το σύνολο του Πρωτοκόλλου, ο Κυβερνήτης αποφεύγει να εκφράσει τη γνώμη της ελληνικής κυβέρνησης και δηλώνει προς τους αντιπρέσβεις ότι η ελληνική πλευρά θα υποβάλει «τας περί πάσας τας πράξεις τής εν Λονδίνω συνδιαλέξεως, παρατηρήσεις της» στον Λεοπόλδο, τον εκλεγμένο από τις τρεις Δυνάμεις ηγεμόνα της Ελλάδας και, άρα, αρμόδιο να εκπροσωπεί τη χώρα προς αυτές. 

 

Ο Λεοπόλδος συμφώνησε με τις απόψεις του Καποδίστρια και εργάστηκε με πολύ ζήλο για τα δίκαια της Ελλάδος. Βέβαια, όπως ήταν φυσικό, συνάντησε τη σθεναρή αντίσταση της αγγλική κυβέρνησης στις προσπάθειές του για ικανοποίηση των ελληνικών απόψεων. Για τον λόγο αυτόν, αλλά κυρίως για προσωπικούς λόγους, υπέβαλε την παραίτησή του στους πληρεξούσιους των τριών Δυνάμεων στο Λονδίνο. Ως επιχείρημα για την παραίτησή του πρόβαλε τη μη ικανοποίηση των ελληνικών δικαίων. Στο μεταξύ, η παραίτηση του Λεοπόλδου και η επιχειρηματολογία του είχαν ήδη επηρεάσει τις απόψεις της Αγγλίας για τα ζητήματα των συνόρων της Ελλάδας. Ο νέος υπουργός Εξωτερικών της Αγγλίας Πάλμερστον, με απόρρητο έγγραφο, κάνει γνωστό στον αντιπρέσβη της Αγγλίας στο Ναύπλιο ότι οι σύμμαχοι σκέφτονται να προτείνουν στην Τουρκία τη «βελτίωση» των βορείων συνόρων της Ελλάδας και του αναθέτει να υποδείξει στον Καποδίστρια εμπιστευτικά να αναβάλει την εκκένωση της Αιτωλοακαρνανίας.