Το 1893 ιδρύθηκε στη Θεσσαλονίκη η Εσωτερική Μακεδονική Επαναστατική Οργάνωση (ΕΜΕΟ) με επίσημο σκοπό τον συντονισμό των προσπαθειών των χριστιανικών πληθυσμών της Μακεδονίας για την απελευθέρωσή τους από τον οθωμανικό ζυγό. Η οργάνωση αναφερόταν γενικά στα δικαιώματα του «Μακεδονικού λαού», αλλά στην πραγματικότητα ήταν μια βουλγαρική εθνικιστική οργάνωση με μυστική ατζέντα τον εκβουλγαρισμό της Μακεδονίας και την απόσχισή της από την Οθωμανική Αυτοκρατορία ως ενδιάμεσο στάδιο πριν από την τελική ένωσή της με τη Βουλγαρία.

Η διαδικασία του εκβουλγαρισμού ήταν μεθοδική και είχε προσεκτικά σχεδιαστεί ώστε να κλιμακωθεί σταδιακά, με πρώτο στάδιο τον εξαναγκασμό του συνόλου του ρευστής εθνικής συνείδησης χριστιανικού πληθυσμού να εκκλησιάζεται σε εκκλησίες που θα υπάγονταν στη Βουλγαρική Εξαρχία αντί στις υπάρχουσες, οι οποίες υπάγονταν στο Οικουμενικό Πατριαρχείο. Για τον σκοπό αυτό ιδρύθηκαν σε όλη τη Μακεδονία πολυάριθμες εξαρχικές εκκλησίες. Σ’ αυτές, ο εκκλησιασμός γινόταν στη βουλγαρική γλώσσα και τα ονόματα των βαπτιζομένων ήταν βουλγαρικά. Σε δεύτερη φάση το κομιτάτο άρχισε να ιδρύει πολυάριθμα σχολεία, στα οποία τα παιδιά θα διδάσκονταν τη βουλγαρική γλώσσα και θα κατηχούνταν πλέον εθνικά.

Η δράση του κομιτάτου αρχικά είχε κάποια επιτυχία, αλλά σύντομα έγιναν αντιληπτά τα πραγματικά του κίνητρα, όταν ένοπλες ομάδες του (κομιτατζήδες) άρχισαν να εκτελούν και να βασανίζουν ιερείς, δασκάλους, τοπικές προσωπικότητες, αλλά και απλούς πολίτες που αρνούνταν τον συγκεκαλυμμένο αυτόν εκβουλγαρισμό, που εντάθηκε κατά τη διάρκεια της προετοιμασίας (1902-1903) για την Εξέγερση του Ίλιντεν.

Η σημαία της Μακεδονίας κατά τον Μακεδονικό αγώνα

Αυτή η κατάσταση αφύπνισε την κοινή γνώμη στην Ελλάδα. Κατόπιν δραματικών εκκλήσεων του μητροπολίτη Καστοριάς Γερμανού, ο οποίος είχε αρχίσει ήδη να οργανώνει τοπικά τμήματα αυτοάμυνας σε Καστοριά και Φλώρινα, ιδρύθηκε στην Αθήνα το Μακεδονικό Κομιτάτο υπό τον δημοσιογράφο Δημήτριο Καλαποθάκη. Ενδεικτικό των συνθηκών είναι ότι ο ίδιος ο μητροπολίτης είχε αναγκαστεί να περιέρχεται τους ναούς των χωριών της περιφέρειάς του και να εκκλησιάζει με το όπλο του παρά πόδα (λόγω των αλλεπάλληλων απειλών κατά της ζωής του), σε μια απεγνωσμένη προσπάθεια να τονώσει το ηθικό των τρομοκρατημένων πιστών. Ακολούθησαν κάποιες αποστολές ελληνικών ένοπλων σωμάτων (κατά κύριο λόγο Κρητών και Μανιατών εθελοντών) στη Μακεδονία.

Η επίσημη εμπλοκή του ελληνικού κράτους στα μακεδονικά πράγματα πραγματοποιήθηκε μετά τον Ιανουάριο του 1904, όταν ο οπλαρχηγός Κώττας Χρήστου, επικεφαλής αντιπροσωπείας των Κορεστείων, συναντήθηκε με τον διάδοχο Κωνσταντίνο. Αλλά οι εθελοντές και συνεπακόλουθα τα τμήματα πολλαπλασιάστηκαν θεαματικά μετά την πανελλήνια συγκίνηση που προκάλεσε ο θάνατος του Παύλου Μελά το 1904.

Ανεφοδιασμός Ελλήνων ανταρτών (εκβολές Αλιάκμονα, 1904-1908)

Ένοπλες συγκρούσεις

19 Αυγούστου 1902: Μάχη στο Τριγωνικό της Κοζάνης.

11 Ιουλίου 1903: Μάχη στο Πισοδέριο της Φλώρινας.

19 Σεπτεμβρίου 1904: Μάχη στο Πολυπόταμο, το αντάρτικο άγημα έχει αρχηγό τον Μίκη Ζέζα.

13 Οκτωβρίου 1904: Σκοτώνεται σε μάχη στη Στάτιστα (σημερινό όνομα «Μελάς») των Κορεστείων ο Παύλος Μελάς. Ελληνικό στρατιωτικό τμήμα διέρχεται τη μεθόριο. Οι ελληνικές αρχές της Θεσσαλονίκης ενισχύουν και εξοπλίζουν τα ελληνικά ανταρτικά σώματα.

7 Νοεμβρίου 1904: Μάχη στο Σκλήθρο.

2 Δεκεμβρίου 1904: Μάχη στο Ανταρτικό.

1905: Τα ελληνικά σώματα αποκρούουν σθεναρά βουλγαρικές επιθέσεις ακολουθώντας την τακτική των κλεφτών.

19 Φεβρουαρίου 1905: Μάχη Μοριχόβου.

24 Φεβρουαρίου 1905: Μάχη Λεχόβου.

25 Μαρτίου 1905: Μάχη στη Ζαγορίτσιανη.

11 Απριλίου 1905: Μάχη Σουμπανίστης.

8 Μαΐου 1905: Μάχη του Ζελόβου.

22 Αυγούστου 1905: Μάχη στο Γυμνοτόπι.

5 Σεπτεμβρίου 1905: Μάχη στο Στρυμονικό.

14 Σεπτεμβρίου 1905: Ο εικοσάχρονος Μακεδονομάχος Άρμεν Κούπτσιος εκτελείται με απαγχονισμό από τους Τούρκους στον πλάτανο της πλατείας της πόλης της Δράμας.

1906: Ο Κορομηλάς επιζητεί την επίσημη συμμετοχή της Ελλάδας με αποστολή στρατού. Τέσσερα ελληνικά ανταρτικά σώματα σε σύγκρουση με τον οθωμανικό στρατό διαλύονται.

6 Αυγούστου 1906: Μάχη στη λίμνη Γιαννιτσών.

7 Αυγούστου 1906: Μάχη στο Καστανόφυτο.

14 Σεπτεμβρίου 1906: Μάχη στο Μορίχοβο.

23 Σεπτεμβρίου 1906: Μάχη στον Μελισσότοπο.

21 Δεκεμβρίου 1906: Μάχη στη λίμνη Γιαννιτσών.

Το 1907 η Αγγλία ασκεί πολιτική πίεση απαιτώντας την περιστολή των ελληνικών δράσεων στην περιοχή. Η ελληνική κυβέρνηση βρίσκεται σε δίλημμα. Η Τουρκία απαιτεί την απομάκρυνση του Λ. Κορομηλά από το προξενείο της Θεσσαλονίκης. Απομακρύνεται, αλλά το ελληνικό υπουργείο Εξωτερικών τον διορίζει γενικό επιθεωρητή των προξενείων της διευκολύνοντας με αυτόν τον τρόπο ακόμα περισσότερο τη δράση του.

4 Ιανουαρίου 1907: Μάχη σε Άθυρα και Κουφάλια.

27 Φεβρουαρίου 1907: Μάχη της Νικόκλειας.

13 Μαρτίου 1907: Μάχη της Πέτρας.

8 Μαΐου 1907: Μάχη στο Παλαιοχώρι Κορεστείων.

15 Ιουλίου 1907: Μάχη στο Καλογερικό.

10 Σεπτεμβρίου: Μάχη της Παπαδιάς.

18-19 Ιανουαρίου 1908: Μάχη στον Άγιο Ιωάννη Καστανιάς.

18 Μαρτίου 1908: Μάχη στη Ζούζουλη.

26 Μαρτίου 1908: Μάχη της Βίτσιανης.

10 Μαΐου 1908: Μάχη στο Κωστενέτσι.

6 Ιουνίου 1908: Μάχη στη Δόγιαννη.

Το 1908 με την επανάσταση των Νεοτούρκων το οθωμανικό κράτος παραχωρεί σύνταγμα και ίσα δικαιώματα σε όλους τους πολίτες. Ολοκληρώνεται ο Μακεδονικός Αγώνας με επιτυχία καταφέρνοντας να διατηρήσει τη συνοχή του Ελληνισμού της Μακεδονίας.