07/03/2021 01:19:58
20.12.2020 / ΜΙΧAΛΗΣ ΛΑΓAΝΗΣ
Δημοσιεύτηκε στο ΠΟΝΤΙΚΙ, τεύχος 2156 στις 17-12-2020

Ερευνητές κατά κορωνοϊού - Στη μάχη για την έγκαιρη διάγνωση μέσω των λυμάτων της Ψυττάλειας

Ερευνητές κατά κορωνοϊού - Στη μάχη για την έγκαιρη διάγνωση μέσω των λυμάτων της Ψυττάλειας - Media

 

Από την Ψυττάλεια στα εργαστήρια της Πανεπιστημιούπολης, μία ομάδα ερευνητών από το Εργαστήριο Αναλυτικής Χημείας του Πανεπιστημίου Αθηνών, με επικεφαλής τον καθηγητή Αναλυτικής Χημείας του ΕΚΠΑ Νίκο Θωμαΐδη, εδώ και περίπου εννέα μήνες προσπαθεί να βάλει το δικό της λιθαράκι στην έγκαιρη διάγνωση του κορωνοϊού πραγματοποιώντας μετρήσεις στα αστικά λύματα της πρωτεύουσας και καταγράφοντας την παρουσία και την τάση του SARS-CoV-2 στην Αττική.
Το Αθηναϊκό - Μακεδονικό Πρακτορείο Ειδήσεων παρακολούθησε και κατέγραψε προ ημερών τη διαδικασία που ακολουθούν οι ερευνητές για να εντοπίσουν και να αποτυπώσουν την πορεία της διασποράς της νόσου στο λεκανοπέδιο της Αττικής σε μια διαδρομή από την Ψυττάλεια στα εργαστήρια της Πανεπιστημιούπολης. 
Ο Απόστολος Καραγιαννίδης, μεταπτυχιακός φοιτητής στο πρόγραμμα «Αναλυτική Χημεία - Διασφάλιση ποιότητας» του τμήματος Χημείας του ΕΚΠΑ, έχει αναλάβει από τον Σεπτέμβριο του 2020 την καθημερινή διακομιδή του δείγματος από το ΚΕΛΨ της Ψυττάλειας στο εργαστήριο Αναλυτικής Χημείας. 
«Στην αρχή τα κρούσματα ήταν χαμηλότερα, ήταν καλύτερη η κατάσταση, οπότε τις δειγματοληψίες μας τις είχαμε ορίσει μέρα παρά μέρα. Πολύ γρήγορα ξεκινήσαμε να παίρνουμε κάθε μέρα δείγμα, καθώς θέλαμε να έχουμε μια πιο ολοκληρωμένη απεικόνιση των δεδομένων. Θέλαμε να είμαστε μπροστά από τον κορωνοϊό» λέει στο ΑΠΕ-ΜΠΕ ο Απ. Καραγιαννίδης. 


Στην προσπάθεια αυτή συμβάλλει και η ΕΥΔΑΠ, καθώς έχει ζητηθεί και η δική της συνδρομή για την ανίχνευση του κορωνοϊού στα λύματα της Αθήνας. 
«Με το ΕΚΠΑ έχουμε συνεργαστεί από τις εποχές των μνημονίων, δίναμε δύο φορές τον χρόνο δείγματα από τα λύματα και το ΕΚΠΑ έκανε έρευνες για την ύπαρξη ψυχοφαρμάκων και ναρκωτικών ουσιών στα λύματα της Αθήνας. Σήμερα έχει ζητηθεί η συνδρομή της ΕΥΔΑΠ για την ανίχνευση του κορωνοϊού στα λύματα της Αθήνας. Παίρνουν δείγματα από την είσοδο της Ψυττάλειας, παράλληλα με τα δικά μας, τα οποία δίνονται στο εργαστήριο για περαιτέρω αναλύσεις» αναφέρει ο προϊστάμενος του Κέντρου Επεξεργασίας Λυμάτων Ψυττάλειας Ηρακλής Καραγιάννης.

Συστηματικά από το 2010
Φτάνοντας στο εργαστήριο της Αναλυτικής Χημείας ο Απ. Καραγιαννίδης παραδίδει το δείγμα στην υπόλοιπη ομάδα και συνήθως στην υπεύθυνη του εργαστηριακού κομματιού και υποψήφια διδάκτορα Κατερίνα Γαλάνη.
Η ομάδα του εργαστηρίου μπορεί να περάσει μια μέρα πάνω από δέκα ώρες στον χώρο ώστε να αναλύσει και να καταγράψει τα δεδομένα και τις μετρήσεις από τα λύματα, προχωρώντας ουσιαστικά την έρευνά τους και έχοντας ύστερα από κάποιες ώρες τη συγκέντρωση του ιού στο λύμα και στη συνέχεια τα κρούσματα κατά προσέγγιση.
Το πρόγραμμα της επιδημιολογίας λυμάτων έχει ξεκινήσει στο εργαστήριο Αναλυτικής Χημείας συστηματικά από το 2010 έως σήμερα. Στην πρώτη φάση της κρίσης παρακολουθούσε όλα τα φάρμακα και τις ψυχοδραστικές ουσίες καθώς και μια σειρά από χημικές ενώσεις που εντοπίζονται καθημερινά στα λύματα, ωστόσο εξειδικεύθηκε το 2020, πέρα από τις χημικές ουσίες, και στην παρακολούθηση του ιού SARS-CoV-2 για την έγκαιρη προειδοποίηση των αρχών για τη διασπορά της νόσου στο λεκανοπέδιο της Αττικής. 
Για τον καθηγητή Αναλυτικής Χημείας του Πανεπιστημίου Αθηνών Νίκο Θωμαΐδη η παρακολούθηση του ιού SARS-CoV-2 από τα λύματα αποτελεί «ένα ακόμα εργαλείο που χρησιμοποιεί η επιτροπή των εμπειρογνωμόνων λοιμωξιολόγων για να δει τη διασπορά της νόσου στην κοινότητα, και συγκεκριμένα εδώ στο λεκανοπέδιο της Αττικής».


Ο Ν. Θωμαΐδης και η ομάδα του στέλνουν τις μετρήσεις στην επιτροπή και αυτές συζητιούνται μαζί με όλες τις υπόλοιπες επιδημιολογικές παραμέτρους. Ουσιαστικά, όπως εξηγεί, αποτελεί ένα εργαλείο έγκαιρης προειδοποίησης για τη διασπορά της νόσου στην κοινότητα.
«Έχει αποδειχθεί μάλιστα παγκόσμια ότι αυτό το εργαλείο, η ανάλυση δηλαδή του ιικού φορτίου στα λύματα, είναι ένα πολύ χρήσιμο συμπληρωματικό εργαλείο στα τεστ που γίνονται στον πληθυσμό αλλά και στις άλλες επιδημιολογικές παραμέτρους, διότι μπορεί να δώσει πολύ νωρίς, 7-10 μέρες λέει πλέον η βιβλιογραφία πιο νωρίς, προειδοποίηση για το πού πάει η διασπορά της νόσου. Επίσης είναι απαραίτητο εργαλείο εκεί όπου δεν γίνονται τεστ, δηλαδή εκεί που δεν μπορούμε να πάμε να κάνουμε κλινικά δείγματα πρέπει να μετράμε τα λύματα.
Επιπλέον ένας άλλος λόγος που χρησιμοποιείται αυτή η μεθοδολογία παγκοσμίως είναι για να μπορέσουμε να πιστοποιήσουμε ότι μια περιοχή είναι καθαρή, ασφαλής. Δηλαδή, αν δεν υπάρχει ιικό φορτίο στα λύματα, τότε μπορεί με ασφάλεια η οποιαδήποτε κυβέρνηση να πει ότι η τάδε περιοχή είναι ελεύθερη αυτής της νόσου» αναφέρει χαρακτηριστικά στο ΑΠΕ-ΜΠΕ ο Ν. Θωμαΐδης.

Τα στάδια της μέτρησης
Μια ολόκληρη ομάδα, αποτελούμενη από προπτυχιακούς φοιτητές του τμήματος Χημείας του ΕΚΠΑ μέχρι και μετα-διδάκτορες, ασχολείται με το ζήτημα που έχει κατακλύσει τις ζωές όλων εδώ και περισσότερο από εννέα μήνες. Η διαδικασία μετά την παραλαβή των δειγμάτων των λυμάτων περιγράφεται στα εξής στάδια: 
● Προσυγκέντρωση (concentration).
● Απομόνωση (extraction).
● Ανίχνευση (detection).
Παρ’ όλα αυτά, η διαδικασία δεν είναι τόσο απλή και σύντομη όπως φαίνεται. Όπως εξηγούν στο ΑΠΕ-ΜΠΕ η Κατερίνα Κοντού (μεταπτυχιακή φοιτήτρια) και ο Μάριος Κωστάκης (μεταδιδάκτορας και ακαδημαϊκός υπότροφος του τμήματος Αναλυτικής Χημείας), είναι μια αρκετά ενδιαφέρουσα διαδικασία, αλλά ταυτόχρονα και χρονοβόρα.


Από τη στιγμή που παραλαμβάνουν το δείγμα, αυτό μεταφέρεται σε δύο φυγοκεντρικούς σωλήνες των 50 ml για να ξεκινήσει το πρώτο στάδιο που αφορά την προσυγκέντρωση του δείγματος. Οι ερευνητές τοποθετούν τους φυγοκεντρικούς σωλήνες μέσα σε μια συσκευή που λέγεται ψυχόμενη φυγόκεντρος, η οποία έχει ρυθμιστεί στους 4°C για να απομακρυνθούν τα σωματίδια μεγάλου μεγέθους και τα βακτήρια. Το επόμενο στάδιο αφορά την απομόνωση του ιικού φορτίου. 
Όπως αναφέρει η Κατερίνα Κοντού, αφού παραλάβουν το αποτέλεσμα της πρώτης φυγοκέντρισης, το οποίο εμπεριέχει μόνο το υγρό στοιχείο που είναι το υπερκείμενο, το αποχύνουν μέσα σε έναν καινούργιο φυγοκεντρικό σωλήνα, ο οποίος περιέχει τα αντιδραστήρια για την απομόνωση του ιικού φορτίου που περιλαμβάνει και τον ιό SARS-CoV-2. Στη συνέχεια τοποθετούν το υπερκείμενο υγρό μέσα στον καινούριο φυγοκεντρικό σωλήνα που περιέχει τα αντιδραστήριά τους και ξεκινάει η ανακίνηση, έτσι ώστε να διαλυθούν όλα τα αντιδραστήρια. 
Αφού ολοκληρωθεί η ανακίνηση και το διάλυμά τους έχει γίνει ομοιογενές, ξανατοποθετούν τους φυγοκεντρικούς σωλήνες στην ψυχόμενη φυγόκεντρο για τουλάχιστον δύο ώρες, ώστε να έχει τελειώσει οριστικά το πρώτο στάδιο και να γίνει η παραλαβή του ιικού φορτίου.
Στη συνέχεια γίνεται η λύση του δείγματος και έπειτα ο καθαρισμός και η απομόνωση του γενετικού υλικού του κορωνοϊού. Επομένως το δείγμα παραλαμβάνεται και περνά από μια διαδικασία από καθαρισμούς έτσι ώστε να παραλάβουν μόνο το γενετικό υλικό του SARS-CoV-2. Αμέσως μετά θα ακολουθήσει η προσθήκη αντιδραστηρίων για τον προσδιορισμό του ιικού φορτίου του ιού.


Η προσθήκη των αντιδραστηρίων γίνεται σε έναν ειδικό χώρο που λέγεται hood για να αποφευχθούν οι επιμολύνσεις. Μόλις προστεθούν τα αντιδραστήρια πηγαίνουν στην PCR που, όπως εξηγεί ο Μ. Κωστάκης, πρόκειται για τη μέτρηση, για την ταυτοποίηση του ιού, για την ανίχνευση του ιού. «Εδώ που έχουμε βάλει τα αντιδραστήρια θα δούμε τον ιό να εμφανίζεται σαν μια καμπύλη στον υπολογιστή. Μετά, ανάλογα σε ποιον κύκλο βγαίνει, θα καταλάβουμε και σε τι συγκέντρωση είναι ο ιός» αναφέρει.
Ο Μ. Κωστάκης στέκεται μπροστά από την PCR, την ανοίγει και βάζει μέσα τα δοχεία στα οποία έχουν μπει όλα τα αντιδραστήρια. Αφού έχουν τοποθετηθεί όλα τα δείγματα, ξανακλείνει το όργανο και ξεκινάει να τρέχει το πρόγραμμα που θα δώσει το τελικό σήμα για το πόσο είναι το γενετικό υλικό του ιού στο λύμα. Αφού ολοκληρωθεί η μέτρηση και έχουν περάσει περίπου δύο ώρες, στη συνέχεια τα αποτελέσματα βγαίνουν στον υπολογιστή. 


«Εκεί παρατηρούμε τις καμπύλες που μας ορίζουν σε πόσο μεγάλη ποσότητα βρίσκεται ο ιός στο κάθε δείγμα, από εκεί τα επεξεργαζόμαστε έτσι ώστε να βγάλουμε τη συγκέντρωση του ιού στο λύμα και στη συνέχεια τα κρούσματα κατά προσέγγιση. Επεξεργαζόμαστε τα αποτελέσματα αυτά για να βγάλουμε τον τελικό αριθμό των κρουσμάτων με βάση τα μοντέλα που έχουμε αναπτύξει» λέει στο ΑΠΕ-ΜΠΕ ο Μ. Κωστάκης.
Για την Κατερίνα Γαλάνη, που είναι υπεύθυνη στο εργαστηριακό μέρος της έρευνας, «όλο αυτό είναι κάτι πρωτόγνωρο για όλους. Παρότι είναι μια κατάσταση κρίσης, είναι δημιουργική, καθώς κλήθηκα να αναπτύξω ένα πρωτόκολλο νιώθοντας όμως μέσα μου το αίσθημα της κοινωνικής προσφοράς. Είναι σίγουρα μία κατάσταση δύσκολη, επίπονη και κουραστική, ωστόσο στο τέλος της ημέρας οι θετικές απολαβές είναι πολύ μεγάλες, γιατί από τη μία εξελίσσεσαι στην επιστήμη σου, παράλληλα όμως συνδράμεις την κοινωνία».

Τι συμβαίνει τώρα στην Αττική
Σύμφωνα με τον Ν. Θωμαΐδη, στο λεκανοπέδιο της Αττικής παρατηρείται μια τάση σταθεροποίησης του ιικού φορτίου τις τελευταίες εβδομάδες.
«Δεν μπορούμε να είμαστε ήσυχοι ότι έχει σταματήσει η διασπορά, διότι παρατηρούμε και ανιχνεύουμε συνεχώς ιικό φορτίο, ωστόσο είναι σαφώς μικρότερο το ιικό φορτίο από την κορυφή του δεύτερου κύματος που ήταν μεταξύ 30 Οκτωβρίου και 5 Νοεμβρίου» τονίζει. Σύμφωνα με τον ίδιο, κατά τη διάρκεια του πικ του δεύτερου κύματος η πρόβλεψη που γινόταν μέσα από το μοντέλο υπολογισμού απ’ αυτή τη μεθοδολογία εκτιμούσε ότι οι φορείς (ασυμπτωματικοί και συμπτωματικοί) ανέρχονταν στους 60.000, ενώ αυτή τη στιγμή είναι μεταξύ 10-20.000.
Αυτή τη στιγμή, όπως σημειώνει ο Ν. Θωμαΐδης, υπάρχει ένας σχεδιασμός με το υπουργείο και τον ΕΟΔΥ να φτιαχτεί ένα δίκτυο τέτοιων εργαστηρίων στη χώρα, έτσι ώστε να μπορούν να καλυφθούν περισσότερες περιοχές στην Ελλάδα.
«Ταυτόχρονα έχουμε σχεδιάσει ένα δίκτυο - παρατηρητήριο με τη χρηματοδότηση της Περιφέρειας Αττικής που πέρα από τη διασπορά της Covid-19 θα συμπεριλάβει κι άλλες ιώσεις, όπως η γρίπη, οι ηπατίτιδες και άλλες παραμέτρους, νόσους ή άλλα προβλήματα όπως τα φάρμακα, τα αντιβιοτικά, τα ναρκωτικά στο λεκανοπέδιο της Αττικής. Άρα έχουμε μια στενή συνεργασία και η συμβολή μας είναι αρκετά σημαντική σε αυτό τον σχεδιασμό του υπουργείου» τονίζει.

ΣΧΟΛΙΑ

Το "Π" σέβεται όλες τις απόψεις, αλλά διατηρεί το δικαίωμά του να μην αναρτά υβριστικά σχόλια και διαφημίσεις. Τα σχόλια απηχούν αποκλειστικά τις απόψεις των αναγνωστών.