Μιλώντας στο ραδιοφωνικό σταθμό Παραπολιτικά 90,1 FM, είπε πως θα πρέπει να υπάρχει κάποιος λόγος για να προβεί κανείς σε μια τέτοια ενέργεια. «Μπορεί ο οποιοσδήποτε να έχει άποψη, αλλά δεν μπορεί να την επιβάλλει σε όσους διαφωνούν γιατί πρόκειται για τροποποίηση της φυσικής εξέλιξης του ανθρώπου» είπε ο Ανθιμος.

Ερωτηθείς για το εάν η Εκκλησία θα πάντρευε ζευγάρι που ο ένας από τους δύο προέβη σε αλλαγή φύλου είπε πως κατά τη γνώμη του η Εκκλησία δεν θα το κάνει γιατί είναι μια προσβολή της προγενέστερης βούλησης των ενδιαφερομένων και μια υποταγή της φυσικής εξέλιξης. Είναι λίγο παλαβά πράγματα αυτά» κατέληξε.