Όλα άρχισαν από τη συνέντευξη που ο Γιάννης Ραγκούσης έδωσε στο περιοδικό Antivirus, στην οποία, αναφερόμενος στο ζήτημα της στάσης της εκκλησίας έναντι των δικαιωμάτων της ΛΟΑΤΚΙ κοινότητας, τόνισε ότι «για την εκκλησία, είμαι απ’ αυτούς που πιστεύουν ότι και αυτή πρέπει να βγει μπροστά σ΄αυτόν τον αγώνα. Υποστηρικτικά. Γιατί αν θέλει να χτίσει μια σχέση εμπιστοσύνης με την κοινωνία, πρέπει να σταματήσει να υποκρίνεται. Προσωπικά, έχω συναντήσει εκπροσώπους της Ελληνικής Ορθόδοξης Εκκλησίας – σε ανώτατα κλιμάκια ακόμη και μητροπολίτες – οι οποίοι είναι ομοφυλόφιλοι και το κρύβουν. Τους αναγκάζουν και το κρύβουν. Επειδή, λοιπόν, ο σεξουαλικός προσανατολισμός δεν είναι επιλογή, είναι φύση, πρέπει η Ορθόδοξη Εκκλησία να σταματήσει την υποκρισία και να μπει μπροστά σ΄αυτή τη νέα εποχή που πρέπει να ξεκινήσει στην Ελλάδα».

Πληροφορίες του «Π» αναφέρουν ότι η συγκεκριμένη φράση προκάλεσε την οργή στα μέλη της Ιεράς Συνόδου, τα οποία στην ανακοίνωση για τις εργασίες της Συνόδου υπογράμμισαν ότι «η Εκκλησία της Ελλάδος αποφάσισε να επιδώσει εξώδικο πρόσκληση στον τέως υπουργό και υποψήφιο πρόεδρο της Δημοκρατικής Συμπαράταξης κ. Ιωάννη Ραγκούση, κατόπιν των δηλώσεών του, να καταθέσει εντός πενθημέρου στην Αρχιγραμματεία της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος στοιχεία που ισχυρίζεται ότι έχει για τα καταγγελόμενα από αυτόν εις βάρος Μητροπολιτών της Εκκλησίας μας, άλλως θα υποστεί την ανάλογη δικαστική βάσανο».