Ο Ντινκ, ηλικίας τότε 52 ετών, δολοφονήθηκε με δυο σφαίρες στη μέση του δρόμου μπροστά στα γραφεία της εφημερίδας Άγος, της οποίας ήταν διευθυντής, τη 19η Ιανουαρίου 2007. Η φωτογραφία του πτώματός του, καλυμμένου με ένα σεντόνι, παραμένει ανεξίτηλη στη μνήμη πολλών στην Τουρκία.

Ο δράστης της δολοφονίας, ο Ογκίν Σαμάστ, 17 ετών όταν τη διέπραξε, ομολόγησε την ενοχή του και το 2011 καταδικάστηκε να εκτίσει ποινή κάθειρξης 23 ετών. Όμως η ταυτότητα των πιθανών εντολέων του, των ηθικών αυτουργών του φόνου του Χραντ Ντινκ, παραμένει αντικείμενο σφοδρής πολεμικής στην Τουρκία.

Η ποινή του Σαμάστ αυξήθηκε κατά δυόμισι χρόνια, καθώς κρίθηκε ένοχος στην κατηγορία πως ανήκε σε «εγκληματική οργάνωση», ανέφεραν τουρκικά ΜΜΕ.

Ανάμεσα στους άλλους υπόπτους που καταδικάστηκαν ήταν ο Ερχάν Τουντζέλ, ο οποίος εκτίει ήδη 99 χρόνια κάθειρξη για τον ρόλο του στη δολοφονία του Ντινκ και σε άλλα εγκλήματα που έχει ομολογήσει πως διέπραξε.

Άλλοι τέσσερις ύποπτοι καταδικάστηκαν σε ποινές φυλάκισης και κάθειρξης μεταξύ ενός και 16 ετών, ενώ δύο πρόσωπα απαλλάχθηκαν.

Ο Χραντ Ντινκ απέκτησε τεράστια φήμη αφού ίδρυσε την εφημερίδα Άγος, που τυπωνόταν στην τουρκική και στην αρμενική γλώσσα και καταπιανόταν συχνά με θέματα ταμπού.

Ήταν ένα από τα πλέον μισητά πρόσωπα στους κύκλους των τούρκων εθνικιστών διότι χαρακτήριζε γενοκτονία τις σφαγές των Αρμενίων κατά τη διάρκεια του Α΄ Παγκοσμίου Πολέμου από τα στρατεύματα της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Η Άγκυρα ως ακόμη και σήμερα δεν αναγνωρίζει ότι διαπράχθηκε γενοκτονία.