Το Πρωτόκολλο Συνεργασίας έχει στόχο τη διαμόρφωση κατάλληλου πλαισίου σύστασης και λειτουργίας σύγχρονης Μονάδας Εσωτερικού Ελέγχου στην ΕΑΑΔΗΣΥ και προβλέπει τη μεταφορά τεχνογνωσίας εκ μέρους της διεύθυνσης Εσωτερικού Ελέγχου της ΑΑΔΕ, που ήδη, ακολουθώντας τα διεθνή πρότυπα, διενεργεί εσωτερικούς ελέγχους, παρέχει συμβουλευτικά έργα, εκπονεί μελέτες και αναπτύσσει μεθοδολογίες, με σκοπό τη βελτίωση της αποτελεσματικότητας των διαδικασιών διαχείρισης κινδύνων, των μηχανισμών ελέγχου (συστημάτων εσωτερικού ελέγχου) και της διακυβέρνησης της ΑΑΔΕ.

Το Πρωτόκολλο Συνεργασίας θα συμβάλλει σημαντικά στην λειτουργία εσωτερικού ελέγχου στην ΕΑΑΔΗΣΥ, προσδοκώντας να συνεισφέρει στην επίτευξη τής σημαντικής αποστολής της.