Στο πλαίσιο αυτό, και με αφορμή την κρίση στη Λιβύη, ο κ. Παναγιωτόπουλος “επέκρινε τη απειλή χρήσης βίας από ένα συμμαχικό πλοίο εναντίον άλλου συμμαχικού πλοίου, που έλαβε χώρα στη Μεσόγειο την προηγούμενη εβδομάδα”, όπως αναφέρει σχετική ανακοίνωση του υπουργείου. Χαρακτήρισε αυτή τη συμπεριφορά «όχι απλώς προβληματική, αλλά ανήκουστη» και επεσήμανε ότι «παρόμοιες συμπεριφορές που υπονομεύουν τη συνοχή και αλληλεγγύη του ΝΑΤΟ δεν προσιδιάζουν σε συμμαχία με ισχυρούς δεσμούς και κοινές αξίες, αλλά σε ευκαιριακή ομάδα προώθησης επί μέρους συμφερόντων».

Ο υπουργός Εθνικής Άμυνας σημείωσε, ότι μοναδική λύση αποτελούν οι πολιτικές διαβουλεύσεις και οι συνεννοήσεις μεταξύ των αντιμαχόμενων μερών, υπό την αιγίδα των Ηνωμένων Εθνών και με βάση τις παραμέτρους που έχει θέσει η Διαδικασία του Βερολίνου. Επιπλέον, κάλεσε οποιοδήποτε κράτος προβαίνει σε παραβίαση του αποκλεισμού όπλων (εμπάργκο), κατά παράβαση ψηφισμάτων του Συμβουλίου Ασφαλείας των Ηνωμένων Εθνών, να μεταβάλει την στάση του.