Από τα νερά του Ιλισού θα περιβάλλονται  η αίθουσα περιοδικών εκθέσεων και οι αποθήκες της Εθνικής Πινακοθήκης, όπου θα φυλάσσονται τα έργα τέχνης.

Ωστόσο, η διοικηση της Εθνικής Πινακοθήκης αναφέρει ότι μεγάλα μουσεία του εξωτερικού που βρίσκονται δίπλα ή κάτω από το νερό.

Τα νέα δεδομένα προβλημάτισαν το υπουργείο Πολιτισμού, που τελικά παρέμεινε στον αρχικό σχεδιασμό της κατασκευής των υπογείων, προκειμένου να μην αλλάξει το φυσικό αντικείμενο του έργου που θα θέσει σε κίνδυνο τη χρηματοδότησή του από το ΕΣΠΑ.
 
«Εξετάσαμε και την πιθανότητα να αποθηκεύονται αλλού τα έργα, ωστόσο στην περίπτωση αυτή θα έπρεπε η Πινακοθήκη να πηγαινοφέρνει έργα μισθώνοντας εταιρεία σεκιούριτι και θέτοντας τελικά σε κίνδυνο τα ίδια τα έργα», επισήμανε η γενική διευθύντρια Αναστήλωσης, Μουσείων και Τεχνικών Έργων, Ευγενία Γατοπούλου.
 
Τα μουσειολογικά ζητήματα που προκύπτουν από τα νέα δεδομένα της στάθμης του υδροφόρου ορίζοντα προβλημάτισαν έντονα και τη διοίκηση της Εθνικής Πινακοθήκης, που διερεύνησε αντίστοιχες περιπτώσεις μουσείων του εξωτερικού που βρίσκονται μέσα στο νερό. Στα αντίστοιχα παραδείγματα περιλαμβάνονται τα Μουσεία Ορσέ και Λούβρο στο Παρίσι, που έχουν τις αποθήκες τους κάτω από το νερό του Σηκουάνα, αλλά και τα μουσεία της Βενετίας που βρίσκονται μέσα στο νερό.
 
Τα μέλη του Κεντρικού Συμβουλίου Νεωτέρων Μνημείων γνωμοδότησαν τελικά κατά πλειοψηφία υπέρ της έγκρισης της τροποποιημένης μελέτης, καθώς έκριναν ότι σύμφωνα με την αρμοδιότητά τους πρέπει να αποφανθούν για το κατά πόσο η μελέτη θέτει σε κίνδυνο το διατηρητέο υπάρχον κτήριο της Εθνικής Πινακοθήκης.