Εξελέγη βουλευτής Κυκλάδων με τη Ν.Δ. στις εκλογές του 1989 (Νοεμβρίου), του 1990, του 1993, του 1996 και του 2000.

Ο Κυριάκος Μητσοτάκης εξέφρασε τα συλλυπητήριά του για τον θάνατο του πρώην βουλευτή της ΝΔ. «Εκφράζω τη θλίψη μου για την απώλεια του Γιάννη Χωματά. Υπηρέτησε ως βουλευτής της Νέας Δημοκρατίας με ήθος και ευπρέπεια την παράταξη, αλλά και το δημόσιο βίο.

Διακρίθηκε, ως γιατρός, για την προσφορά του στον άνθρωπο, ενώ ξεχωριστή θέση στην καρδιά του είχαν οι Κυκλάδες και ιδιαίτερα η Νάξος. Στην οικογένειά του απευθύνω τα ειλικρινή μου συλλυπητήρια».