Για πολλά χρόνια αποτελούσε την ερωμένη του Αριστοτέλη Ωνάση, ένας έρωτας που της χάρισε τον παράδεισο και την κόλαση μαζί. Ωστόσο, εκείνος την εγκατέλειψε για να παντρευτεί στις 20 Οκτωβρίου του 1968 την Ζακλίν Μπουβιέ γνωστή και ως Τζάκι Κένεντι, χήρα του δολοφονηθέντος Τζον Κένεντι. Το γεγονός αυτό της στοίχισε ιδιαίτερα και τη «βούλιαξε» σε βαθιά κατάθλιψη.

Κάποια χρόνια νωρίτερα, ένα άλλο γεγονός τη στιγμάτισε όσο τίποτα και αυτό δεν ήταν άλλο από τον θάνατο του μωρού της. Ήταν ο καρπός του έρωτά της με τον Αριστοτέλη Ωνάση. Ένα μωρό που, ωστόσο, εκείνος δεν αποδέχθηκε ποτέ και που στην είδηση του θανάτου του λίγα λεπτά μετά τη γέννησή του, το μόνο που ζήτησε ήταν να αναγραφεί άλλο όνομα στο μνήμα του ώστε ποτέ, κανείς να μη μάθει για την ύπαρξή του. Ένα γεγονός που ο Ωνάσης ανάγκασε την Κάλλας να μην πει ποτέ και σε κανέναν. Ένα μεγάλο μυστικό που η ντίβα της Όπερας, αφήνοντας την τελευταία της πνοή, πήρε μαζί της…

Το γεγονός αυτό ήρθε, μάλιστα, στη δημοσιότητα με αφορμή τη βιογραφία του Nicolas Cage, στο βιβλίο του, Greek Fire: The Story of Maria Callas and Aristotle Onassis (2000).