Γεγονός πάντως είναι πως έχει ήδη αργήσει να λειτουργήσει νόμιμο τζαμί στην Αθήνα, ενώ η κατάσταση με τα παράνομα τζαμιά είναι οριακή. Στην πρωτεύουσα λειτουργούν παράνομα 74 τζαμιά, στην Κρήτη 4, στη Θεσσαλονίκη 2, ενώ παράνομα τεμένη υπάρχουν και σε άλλες περιοχές της Ελλάδας..

Στην Αθήνα κατοικούν 250.000 μουσουλμάνοι που αναγκάζονται να προσφεύγουν σε παράνομα τζαμιά, που ουδείς ελέγχει από πού χρηματοδοτούνται και τι ρόλο παίζουν οι ιμάμηδες που λειτουργούν σε αυτά. 

Μετά τη λειτουργία του τεμένους στον Βοτανικό θα ανοίξει η συζήτηση για το μέλλον των παράνομων τζαμιών, τα οποία θα πρέπει να κλείσουν.

Το τέμενος θα διοικείται από επταμελή Διοικούσα Επιτροπή που αποτελείται από δυο εκπροσώπους του υπουργείου Παιδείας, έναν εκπρόσωπο του υπουργείου Οικονομικών, δυο εκπροσώπους του δήμου Αθηναίων και δυο εκπροσώπους των μουσουλμανικών οργανώσεων της Αθήνας. Επικεφαλής είναι ο προϊστάμενος της διεύθυνσης θρησκευτικής διοίκησης του υπουργείου Παιδείας Κωνσταντίνος Πιτταδάκης. Το Προεδρικό Διάταγμα, μάλιστα, που μετατρέπει σε Οργανισμό την Διοικούσα Επιτροπή έχει εγκριθεί από το ΣτΕ και βρίσκεται στο τελικό στάδιο των υπογραφών. Σημειώνεται ότι η Ελλάδα δεν πρόκειται να ικανοποιήσει το αίτημα της Τουρκίας να κατασκευαστεί μιναρές στο τέμενος του Βοτανικού.