Η πρώτη ανατριχιαστικά ακριβής και λεπτομερής περιγραφή μιας πανδημίας είναι αυτή που έμεινε στην Ιστορία ως ο «Λοιμός των Αθηνών» και περίγραψε ο μέγας Θουκυδίδης, και μάλιστα υπό το βάρος της τραγικής εμπειρίας του ανθρώπου που νόσησε και υπήρξε από τους λίγους που γλίτωσαν… Πρόκειται για έναν λοιμό που έβαλε τέλος στον Χρυσούν Αιώνα του Περικλέους, στην αλματώδη και πρωτοφανή στα ιστορικά χρονικά ανάπτυξη των Αθηνών και επηρέασε αποφασιστικά την έκβαση του Πελοποννησιακού πολέμου. Ο φοβερός λοιμός περιγράφεται στο δεύτερο βιβλίο του Θουκυδίδη, αμέσως μετά τον εμβληματικό Επιτάφιο του Περικλέους. Η επιδημία λέγεται ότι πρωτοεμφανίστηκε στον κύριο λιμένα της Αθήνας, τον Πειραιά, που αποτελούσε την είσοδο προμηθειών της πόλης. Ο Θουκυδίδης αναφέρει πως η ασθένεια προερχόταν από την Αιθιοπία και πέρασε μέσω της Αιγύπτου και της Λιβύης στον ελληνικό κόσμο. Η νόσος ήταν τόσο τρομερή, ώστε κανείς δεν θυμόταν κάτι παρόμοιο κατά το παρελθόν, και οι ιατροί είχαν όχι μόνο ένα πολύ δύσκολο έργο, μια και δεν γνώριζαν πώς να την αντιμετωπίσουν, αλλά συνήθως ήταν και αυτοί που πέθαιναν πρώτοι, αφού βρίσκονταν σε συνεχή επαφή με τους ασθενείς… 

«[48] Η νόσος ήρχισε το πρώτον, ως λέγεται, από την νοτίως της Αιγύπτου κειμένην Αιθιοπίαν, από όπου κατέβη έπειτα εις την Αίγυπτον και την Λιβύην και επεξετάθη εις το πλείστον μέρος της Περσικής αυτοκρατορίας. [2] Εις δε την πόλιν των Αθηνών ενέσκηψεν αιφνιδίως και προσέβαλε κατά πρώτον τους κατοίκους του Πειραιώς, και διά τούτο ελέχθη από αυτούς ότι οι Πελοποννήσιοι είχαν ρίψει δηλητήριον εις τας δεξαμενάς, διότι κρήναι δεν υπήρχαν ακόμη εκεί. Αλλ᾽ ύστερον έφθασε και εις την άνω πόλιν και από τότε ηύξησε μεγάλως η θνησιμότης. [3] Καθείς δε, είτε ιατρός είτε άπειρος της ιατρικής, ημπορεί, αναλόγως της ατομικής του κρίσεως, να ομιλή περί της πιθανής προελεύσεώς της και περί των αιτίων, τα οποία νομίζει ικανά να επιφέρουν τοιαύτην διατάραξιν των υγιεινών συνθηκών. Αλλ᾽ εγώ, που και ο ίδιος έπαθα από την νόσον, και με τα ίδια τα μάτια μου είδα άλλους πάσχοντας, θα εκθέσω την πραγματικήν της πορείαν και θα περιγράψω τα συμπτώματά της, η ακριβής παρατήρησις των οποίων θα επιτρέψη ασφαλέστερον εις τον καθένα που θα ήθελε να τα σπουδάση επιμελώς να κάμη την διάγνωσίν της, εάν ποτέ ήθελε και πάλιν ενσκήψει».

Ο πληθυσμός των Αθηνών εκείνης της εποχής εκτιμάται πως έφτανε τις 300.000 ψυχές και ότι εξολοθρεύθηκαν από τη νόσο 75.000 έως 100.000 άνθρωποι. Ανάλογα βαριές υπήρξαν και οι στρατιωτικές απώλειες σε έμψυχο υλικό. Εκτιμάται ότι χάθηκαν 1.400 οπλίτες και 300 περίπου Ιππείς. Λέγεται, μάλιστα, ότι η θέα των νεκρικών πυρών έκανε τους Σπαρτιάτες να εγκαταλείψουν την πολιορκία της πόλης από τον φόβο της επιδημίας. Η Αθήνα, εκτός της μεγάλης απώλειας του Περικλή, έχασε και μια σειρά ικανών ανδρών της πολιτικής και στρατιωτικής ηγεσίας με αποτέλεσμα αυτοί να αντικατασταθούν σε μια κρίσιμη περίοδο από μια σειρά ανίκανων και αδύναμων προσώπων, όπως τους χαρακτηρίζει ο Θουκυδίδης. 

Σύμφωνα με τις περιγραφές του ιστορικού, στη λαμπρή πόλη με τους ξεχωριστούς πολίτες, η εξάπλωση της επιδημίας δημιούργησε συνθήκες παράνοιας, καθώς οι άνθρωποι θεωρούσαν ότι ζουν υπό καθεστώς θανατικής καταδίκης. Επικράτησαν φαινόμενα περιφρόνησης των νόμων, άλλοι άρχισαν να ξοδεύουν αλόγιστα τις περιουσίες τους, καθώς θεωρούσαν ότι οι μέρες τους είναι μετρημένες, και άλλοι επεδείκνυαν ανέντιμη συμπεριφορά, καθώς δεν πίστευαν ότι η αρετή θα τους σώσει από τον θάνατο… 

Η μετάφραση των αποσπασμάτων που παρατίθενται από το δεύτερο βιβλίο του «Πελοποννησιακού Πολέμου» του Θουκυδίδη είναι του Ελευθερίου Βενιζέλου.