Ο Πολ Άλεν ίδρυσε το 1975, μαζί με τον κολλητό φίλο του, Μπιλ Γκέιτς, την εταιρεία λογισμικού για υπολογιστές Microsoft, η οποία πέντε χρόνια μετά, με το λειτουργικό σύστημα MS-DOS έγινε ένας γίγαντας της πληροφορικής και τεχνολογίας.

Η Microsoft έγινε μονοκρατορία με τα Windows, που εισήγαγε ως «κέλυφος λειτουργικού συστήματος» (του MS-DOS) μπαίνοντας στο παιχνίδι του GUI (inteface με γραφικά) που είχε πρωτοχρησιμοποιήσει ένα χρόνο πριν η Apple, και φθάνοντας σε κάποιο σημείο να κατέχει το 90% της αγοράς.

Ο Άλεν ήταν εκείνος που έπεισε τον Γκέιτς να εγκαταλείψει το Χάρβαντ και να ιδρύσουν την Microsoft. To 2000 εγκατέλειψε τη θέση του στο διοικητικό συμβούλιο της εταιρείας, αλλά παρέμεινε ως ειδικός σύμβουλος, ενώ έγινε δισεκατομμύριούχος όταν η Microsoft εισήχθη στο Χρηματιστήριο το 1986.

Μετά τη Microsoft, ο Άλεν ασχολήθηκε με τις επενδύσεις μέσω της Vulcan Capital, ενώ ήταν ιδιοκτήτης των Seattle Seahawks (NFL) και των Portland Trail Blazers (NBA), καθώς και μέλος της διοίκησης των Seattle Sounders (ποδόσφαιρο).

Όπως και ο Γκέιτς, και ο Άλεν είχε ασχοληθεί με τη φιλανθρωπία, έχοντας διαθέσει σχεδόν ένα δισ. δολάρια σε διάφορες επιστημονικές ομάδες και κοινωνικούς φορείς.

Ο Άλεν δεν παντρεύτηκε ποτέ, ούτε έκανε παιδιά, ενώ είχε κάνει δύο φορές θεραπεία για λέμφωμα (Hodgkin’s και non Hogdkin’s).