Την κάλυψη του πρωθυπουργού Αλέξη Τσίπρα για το θέμα των Θρησκευτικών υποστηρίζει ότι έχει ο υπουργός Παιδείας Νίκος Φίλης, μιλώντας στο vima.gr, την ώρα που δημοσιεύματα στον κυριακάτικο τύπο εμφανίζουν τον Αλέξη Τσίπρα «να τον αδειάζει δίνοντας του παράλληλα εντολή να ζητήσει συγγνώμη και να τα βρει με τον Αρχιεπίσκοπο».

Ο κ. Φίλης, μιλώντας στο Βήμα, επιτέθηκε φραστικά στον Αρχιεπίσκοπο Ιερώνυμο κατηγορώντας τον ότι υπαναχώρησε από τα συμφωνηθέντα για τα Θρησκευτικά «κάτω από την πίεση των ακραίων ιεραρχών» και της αντιπαράθεσής του με το Οικουμενικό Πατριαρχείο. 

Ακόμη, ο υπουργός Παιδείας εμφανίζεται αποφασισμένος να συναντηθεί με τον Αρχιεπίσκοπο, όποτε και όταν ο Μακαριότατος τον δεχτεί (έχει ζητήσει ραντεβού εγγράφως και από την αρχιεπισκοπή του έχουν απαντήσει ότι ο κ. Ιερώνυμος δεν πρόκειται να τον δει πριν την έναρξη των εργασιών της Ιεράς Συνόδου, στις 4 Οκτωβρίου).  «Στη συνάντηση αυτή δεν πρόκειται να κάνω πίσω, εδώ είμαστε κυβέρνηση, δεν πρόκειται να γελοιοποιηθούμε»,  υποστηρίζει ο κ. Φίλης και συμπληρώσει ότι το ζήτημα των Θρησκευτικών είναι θέμα της κυβέρνησης και όχι της Εκκλησίας. Μάλιστα, σύμφωνα με το Βήμα, ο υπουργός Παιδείας ανάμειξε στην όλη υπόθεση και την πρώην υπουργό Αννα Διαμαντοπούλου λέγοντας ότι αυτή άρχισε τον διάλογο πάνω στο θέμα αυτό και ότι αυτός τον ολοκλήρωσε.

Κύκλοι τη Αρχιεπισκοπής σε συνομιλία τους που είχαν με «Το Βήμα» έλεγαν ότι «οι ύβρεις, οι συκοφαντίες και οι κατηγορίες είναι το εύκολο καταφύγιο όσων κάνουν κινήσεις κομματικής τακτικής και στρατηγικής σε ευαίσθητα εθνικά, πολιτισμικά και θρησκευτικά θέματα, επιχειρώντας να χαϊδέψουν τα αυτιά του ακροατηρίου τους.  Εξέφραζαν μάλιστα την απορία τους για την ανάμειξη του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Και σημείωναν: ”πόσο μακριά μπορεί να φτάσει κάποιος όταν επιδιώκει τον διχασμό”»;

Ο Νίκος Φίλης υποστηρίζει τέλος ότι στο πρόσφατο δείπνο που είχε ο Αρχιεπίσκοπος (μαζί με ιεράρχες) στο Μέγαρο Μαξίμου συμφωνήθηκαν τα πάντα χωρίς ο Αρχιεπίσκοπος να εκφράσει τις αντιρρήσεις του για το μάθημα των Θρησκευτικών, σημειώνοντας ότι επικεφαλής του διαλόγου ήταν ο Σπ. Γιαγκαζόγλου, διευθυντής του επίσημου περιοδικού «Εκκλησία», της Εκκλησίας της Ελλάδος, τον οποίο ο Αρχιεπίσκοπος τον απομάκρυνε. 

Κύκλοι ωστόσο της Αρχιεπισκοπής σημείωναν: Τίποτα δεν συζητήθηκε για το μάθημα των Θρησκευτικών στο εν λόγω δείπνο. Η συζήτηση περιεστράφη γύρω από το θέμα της από κοινού με την πολιτεία αξιοποίησης της εκκλησιαστικής περιουσίας προς όφελος του ελληνικού λαού. Ουδέν άλλο».

Οσον αφορά την απομάκρυνση του διευθυντή του περιοδικού οι ίδιοι κύκλοι ανέφεραν ότι πράγματι ο κ. Γιαγκαζόγλου απομακρύνθηκε από διευθυντής όταν συμφώνησε ότι το μάθημα των Θρησκευτικών θα πρέπει να μετατραπεί σε μάθημα Θρησκειολογίας.