Tο 1601, στη συνοικία Φανάρι εγκαθίσταται το Οικουμενικό Πατριαρχείο, θέση στην οποία βρίσκεται έως τις μέρες μας.

Οι Φαναριώτες στις παραδουνάβιες περιοχές
Ήδη από την εποχή που ακολούθησε την πτώση της Κωνσταντινούπολης οι παραδουνάβιες περιοχές της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας κράτησαν έντονη και συνεχή επαφή με το Οικουμενικό Πατριαρχείο. Εδώ ας επισημαίνουμε ότι από αυτές τις περιοχές το Πατριαρχείο εισέπραττε το μεγαλύτερο μέρος του εισοδήματός του, πράγμα που είχε ως συνέπεια αρκετές φορές οι ηγεμόνες αυτών των περιοχών να έχουν βαρύνοντα λόγο στην εκλογή του εκάστοτε Πατριάρχη.
Ωστόσο, οι παραδουνάβιες περιοχές ήταν αυτές οι οποίες εφοδίαζαν σημαντικά την Κωνσταντινούπολη με σιτηρά και κρέας. Οι σημαντικές αυτές εμπορικές συναλλαγές απέφεραν μεγάλα οικονομικά οφέλη στους ορθόδοξους έμπορους. Όπως συνάγεται από τους μελετητές, οι ελληνόφωνοι ορθόδοξοι έμποροι ήλεγχαν αυτό το σημαντικό εμπορικό κομμάτι από τις αρχές του 16ου αιώνα. Επίσης, μια άλλη σημαντική μερίδα των ελληνόφωνων ορθόδοξων, που δεν ήταν έμποροι, απασχολούνταν σε αυτές τις περιοχές από τις αρχοντικές οικογένειες σαν γραμματικοί και δάσκαλοι.
Έτσι, οι Φαναριώτες βρήκαν εύφορο έδαφος διείσδυσης σε αυτές τις περιοχές. Υπό το καθεστώς που δημιουργήθηκε μετά το 1713 – όπου μπορούσε κανείς να εξαγοράσει τα αξιώματα –, οι Φαναριώτες που ήταν μέσα στα πράγματα κατάφεραν να αξιοποιήσουν στο μέγιστο βαθμό αυτή τη νέα κατάσταση. Έτσι, ο εκ Χίου καταγόμενος Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος, ο επονομαζόμενος και «ο εξ απορρήτων», ήταν ο πρώτος Φαναριώτης που κατάφερε να εξασφαλίσει την ηγεμονία της Βλαχίας για λογαριασμό του γιου του Νικολάου το 1709. Η «έξοδος» των Φαναριωτών από το Φανάρι στις παραδουνάβιες περιοχές τούς έφερε σε επαφή με τη διεθνή διπλωματία, μια και αυτές οι περιοχές τότε αποτελούσαν πεδίο αντιπαράθεσης μεταξύ της Πύλης, του οίκου των Αψβούργων και των Ρομανώφ.
Μάλιστα, με την περίφημη συνθήκη του Κιουτσούκ Καϊναρτζή το 1774, οι περιοχές αυτές τέθηκαν ως ορθόδοξες υπό την προστασία των Ρώσων. Αυτό έδωσε τη δυνατότητα και την αφορμή στους Φαναριώτες να προσβλέπουν στη σταδιακή τους αυτονόμηση και απομάκρυνση από την οθωμανική εξουσία. Έτσι κι αλλιώς η νέα πολιτική κατάσταση στην Ευρώπη ευνοούσε αυτές τις κρυφές φιλοδοξίες των φαναριώτικων οικογενειών. Δεν είναι τυχαίο ότι πολλές από αυτές τις οικογένειες δεν δίστασαν να βρεθούν στη μεριά των Ρώσων, οι οποίοι ήταν οι βασικοί αντίπαλοι των Οθωμανών στις παραδουνάβιες περιοχές. Αυτή η αμφιλεγόμενη στάση από πλευράς ορισμένων φαναριώτικων οικογενειών οδήγησε την Υψηλή Πύλη στο να περιορίσει το δικαίωμα διεκδίκησης των ηγεμονιών αυτών μόνο σε τέσσερις οικογένειες, που κρίθηκαν αξιόπιστες στις σχέσεις τους με την Πύλη.
Οι Φαναριώτες, ωστόσο, κατά γενική ομολογία κατάφεραν μέσα σε σχετικά μικρό διάστημα να επωφεληθούν από τις αλλαγές που υιοθέτησε το σύστημα διοίκησης της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και τις γενικότερες γεωπολιτικές αλλαγές. Το δίχως άλλο, κατάφεραν να παραμερίσουν τις μέχρι τότε υφιστάμενες αρχοντικές ρωμαίικες οικογένειες και να αναδειχτούν ως μια χριστιανική αριστοκρατία ενσωματωμένη κανονικά στην οθωμανική κοινωνία, στην οποία μάλιστα έπαιζαν και πρωταγωνιστικό ρόλο. Η επέκταση και εδραίωση αυτής της χριστιανικής αριστοκρατίας βασίστηκε κυρίως στον έλεγχο που άσκησε στο Πατριαρχείο.

Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος, «ο εξ απορρήτων»
Μια από τις πρώτες και εξέχουσες μορφές των Φαναριωτών υπήρξε ο Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος, ο οποίος γεννήθηκε στην Κωνσταντινούπολη, αλλά καταγόταν από τη Χίο. Ο Αλέξανδρος φοίτησε στο Ελληνικό Κολέγιο του Αγίου Αθανασίου στη Ρώμη, όπου και συνέχισε τις σπουδές του στη Φιλολογία και τη Θεολογία. Αργότερα βρέθηκε να σπουδάζει Ιατρική στο πανεπιστήμιο της Πάντοβα.
Με την επιστροφή του στην Κωνσταντινούπολη, ο Μαυροκορδάτος θα διδάξει στη σχολή του Μανολάκη του Καστοριανού, όπως επίσης στην Πατριαρχική Ακαδημία. Κατόπιν θα εργαστεί ως γραμματέας του μεγάλου ρωμιού διερμηνέα Παναγιώτη Νικούσιου, τη θέση του οποίου θα καταλάβει μετά τον θάνατό του, το 1673. Η θέση αυτή, εκτός από εξουσία και χρήμα, ενείχε και κινδύνους.
Το 1683, ο Μαυροκορδάτος έπεσε σε δυσμένεια λόγω της επικράτησης της αντίπαλης παράταξης απ’ αυτήν που τον υποστήριζε. Τότε δημεύτηκε η περιουσία του και φυλακίστηκε μαζί με μέλη της οικογενείας του. Λίγα χρόνια αργότερα, κατάφερε να πετύχει την αποκατάστασή του και να του επιστραφεί η περιουσία του. Λέγεται ότι ο Μαυροκορδάτος συμμετείχε ως υπήκοος του Σουλτάνου, έχοντας σημαντικό ρόλο, στις διαπραγματεύσεις για τη συνθήκη του Κάρλοβιτς, καθώς θεωρούνταν καλός γνώστης της ευρωπαϊκής διπλωματίας.
Τέλος, ο Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος θεωρείται ο πρώτος στον οποίο ανήκει δικαιωματικά ο χαρακτηρισμός του Φαναριώτη, ένας όρος που θα καθιερωθεί στη συνέχεια υποδηλώνοντας την αριστοκρατία των Ρωμιών.