Λίγες μέρες μετά από την αποχώρησή του από την Εθνική ομάδα ποδοσφαίρου, που κατείχε το πόστο το Τεχνικού Διευθυντή, ο Τάκης Φύσσας αναλαμβάνει Διευθυντής ποδοσφαίρου στον Παναθηναϊκό. Επιστρέφει στους «πράσινους» μετά από 6,5 χρόνια.