Ο Θεόδωρος Παπάζογλου ήταν επικεφαλής στο Τμήμα Υποστήριξης του Επιστημονικού Συμβουλίου του Ευρωπαϊκού Συμβουλίου Έρευνας.

Για πολλά χρόνια ήταν επικεφαλής ερευνητικών ομάδων στο Ινστιτούτο Ηλεκτρονικής Δομής και Λέιζερ του Ιδρύματος Ερευνας και Τεχνολογίας της Κρήτης

Στο ακαδημαϊκό έργο είχε περισσότερες από 70 επιστημονικές δημοσιεύσεις και δύο διπλώματα ευρεσιτεχνίας.