Διαστάσεις προσωπικής βεντέτας λαμβάνει η κόντρα του Νίκου Φίλη με τον Κώστα Γαβρόγλου, του πρώην και του νυν Υπουργού Παιδείας αντίστοιχα δηλαδή. Αφορμή στάθηκε ένα άρθρο του νομοσχεδίου του Υπουργείου Παιδείας που αφήνει ανοιχτό το «παράθυρο» για την ιδιωτικοποίηση της ανώτατης εκπαίδευση και τη δημιουργία ιδιωτικών πανεπιστημίων. 

Ο Νίκος Φίλης κατηγόρησε τον Κώστα Γαβρόγλου ότι το «επίμαχο» άρθρο 19 ανοίγει τον δρόμο για την ίδρυση ιδιωτικού πανεπιστημίου στην Ελλάδα, παρακάμπτοντας το  άρθρο 16.

Ο πρώην υπουργός σχολιάζοντας τη διάταξη που αναφέρει πως «οι τίτλοι σπουδών Ανώτατης Εκπαίδευσης Διεθνών Οργανισμών, στους οποίους μετέχει η Ελληνική Δημοκρατία είναι ισότιμοι με τους τίτλους σπουδών των ελληνικών δημόσιων Ανώτατων Εκπαιδευτικών Ιδρυμάτων, χωρίς να απαιτείται η έκδοση πράξης αναγνώρισης», σημείωσε πως αυτή αφορά τον Ευρωπαϊκό Οργανισμό Δημοσίου Δικαίου, ο οποίος συστήθηκε με συμφωνία που υπογράφηκε στην Αθήνα στις 27/10/2004 από την Ιταλία, την Κύπρο, την Εσθονία, τη Μολδαβία, την Σερβία και το Μαυροβούνιο και σύμφωνα με τον κ. Φίλη κάνει μεθοδικές προσπάθειες να αναγνωριστεί ως Πανεπιστήμιο.

 «Το έχω χειριστεί ως υπουργός, κύριε υπουργέ. Το ξέρω καλά το θέμα και γνωρίζω το παρασκήνιο» και συνέχισε σε άλλο σημείο: «Λοιπόν, αναγνωρίζουμε κολέγια στην Ελλάδα; Για την Ελλάδα μιλάμε. Άρα σε λίγο θα έχουμε πολλά κολέγια… Εύχομαι να κάνω λάθος εγώ, αλλά θα είναι αργά αν δεν κάνω λάθος εγώ», είπε ο Νίκος Φίλης.