Η ρωσική προέλαση που ανάγκασε τελικά την Πύλη να αποδεχθεί το Πρωτόκολλο του Λονδίνου αλλά και οι ελληνικές νίκες στη Στερεά Ελλάδα το 1829, η εκστρατεία του Αυγουστίνου Καποδίστρια και η νίκη του Δημήτριου Υψηλάντη στην Πέτρα της Βοιωτίας, είχαν επισφραγίσει την επικράτηση της Επανάστασης.

Εξαιρετικά ανήσυχη η Αγγλία από την τουρκική κατάρρευση, προσανατολίζεται πλέον σε ένα ανεξάρτητο ελληνικό κράτος, ανάχωμα της ρωσικής καθόδου στη Μεσόγειο και σύμμαχο – όπως θα ήθελε το Λονδίνο – της Τουρκίας. Αυτό το κράτος θα μπορούσε στο μέλλον, με την κατάλληλη πρόοδο, να καλύψει το κενό της σφόδρα πιθανής πλέον οθωμανικής διάλυσης.

Έτσι, ο υπουργός Εξωτερικών της Βρετανίας Άμπερντην, τον Νοέμβριο του 1829, τάσσεται υπέρ της πλήρους ανεξαρτησίας της Ελλάδας και συγκαλεί νέα διάσκεψη στο Λονδίνο για λήψη οριστικών αποφάσεων. Αυτή θα ήταν η διάσκεψη που θα διακήρυσσε επίσημα, με τα Πρωτόκολλα της 3ης Φεβρουαρίου 1830 (που υπέγραφαν οι Άμπερντην, Μονμορανσύ Λαβάλ και Λίβεν) την πολιτική ανεξαρτησία της Ελλάδας με «όλα τα δίκαια, πολιτικά, διοικητικά και εμπορικά, τα προσπεφυκότα εις εντελή ανεξαρτησίαν».

Με τα Πρωτόκολλα αυτά η Ελλάδα επέστρεφε επίσημα και πανηγυρικά στον πολιτικό χάρτη του κόσμου, με περιορισμό όμως των συνόρων της στη γραμμή μεταξύ των εκβολών του Σπερχειού και των εκβολών του Αχελώου, εν είδει ανταλλάγματος προς την Τουρκία για τη μετατροπή του φόρου υποτελούς σε αυτήν κράτους, σε ανεξάρτητο. Το 3ο άρθρο καθιστούσε την Ελλάδα κληρονομική μοναρχία με τον πρίγκιπα Λεοπόλδο του Σαξ Κόμπουργκ να διορίζεται, ύστερα από διαβουλεύσεις των τριών Δυνάμεων, ως βασιλέας, χωρίς να ερωτηθεί καν έστω τυπικά ο ελληνικός λαός.

Στις 27 Μαρτίου / 8 Απριλίου 1830 οι πρέσβεις των Δυνάμεων κοινοποίησαν στην Πύλη το περιεχόμενο των Πρωτοκόλλων, τα οποία αυτή θα αποδεχόταν δύο εβδομάδες αργότερα. Τώρα ήταν η Ελλάδα σε δυσχερή θέση: ήταν αναγκασμένη να αποδεχθεί αμέσως την ανακωχή και να εκκενώσει όσες περιοχές θα παρέμεναν υπό οθωμανική κατοχή, έστω και αν είχαν απελευθερωθεί.

Με ιταμή γλώσσα οι Δυνάμεις τόνιζαν στη διακοίνωσή τους ότι «η Ελλάς οφείλει την ύπαρξίν της εις τα παντοία διαβήματα, τα οποία επεδαψίλευσαν εις αυτήν αι τρεις Δυνάμεις. Ελευθερώσασαι αυτήν έλαβον υπό την άμεσον προστασίαν των και την διέσωσαν από τον αναπόδραστον όλεθρον. Διά τούτους τους λόγους προσεκτήσαντο θετικά δικαιώματα εις την εκ μέρους των Ελλήνων τελείαν και πρόθυμον προσχώρησιν εις τα δεδογμένα».
Ο Καποδίστριας χειρίστηκε και αυτή την εξαιρετικά λεπτή διαπραγμάτευση με τρόπο αριστοτεχνικό.

Κέρδισε κατ’ αρχάς χρόνο με «διγλωσσία», συνεργαζόμενος με τη Γερουσία, πριν απαντήσει με αναφορές στα συνταγματικά δικαιώματα υπέρ του λαού και του έθνους που είχαν θεσπίσει οι εθνικές συνελεύσεις, υποχρεώσεις που συνιστούσαν προβληματική την έξωθεν επιβολή κληρονομικού ηγεμόνα. Παρέπεμπε δε σε προσεχή Εθνική Συνέλευση τόσο γι’ αυτό, όσο και για το θέμα της απόσυρσης των ελληνικών στρατιωτικών σωμάτων απ’ όσες περιοχές δεν επιδικάζονταν στο νέο κράτος.

Προσφυώς, δήλωνε έτοιμος να προχωρήσει σε αυτήν, αλλά «ανέβαλλε» την εκτέλεσή της μέχρι να αποχωρήσουν και οι Τούρκοι από την Αττική και την Εύβοια, να προσέλθει η ευρωπαϊκή οροθετική επιτροπή και να παρασχεθούν στην ελληνική κυβέρνηση τα οικονομικά μέσα για να αντιμετωπίσει το μεγάλο προσφυγικό ζήτημα που θα δημιουργηθεί.

Το σχετικό υπόμνημα Καποδίστρια, μαζί με υπόμνημα της Γερουσίας που επέμενε στην πλήρη απόδοση της Στερεάς Ελλάδας, αλλά και της Κρήτης και της Σάμου, απεστάλησαν στον επίδοξο βασιλέα Λεοπόλδο, ο οποίος εργαζόταν με ζήλο για τα ελληνικά δίκαια, επιμένοντας στην απόδοση της Κρήτης και στην αναγνώριση της εκλογής του από ελληνική συνέλευση. Τελικά ο Λεοπόλδος (που θα γινόταν τον επόμενο χρόνο βασιλέας του νεότευκτου Βελγίου), προ της άκαμπτης βρετανικής στάσης αλλά και για προσωπικούς λόγους, αποφάσισε να παραιτηθεί (9/21 Μαΐου 1830).

Αυτό το γεγονός, όπως και η σθεναρή αντίσταση Καποδίστρια στις πιέσεις για παραχώρηση των εθνικών γαιών σε ξένους κεφαλαιούχους, προκάλεσε νέα ένταση στις σχέσεις με την Αγγλία που, φοβούμενη την παραμονή του Καποδίστρια στην αρχή και το ναυάγιο των σχεδίων για ένα κράτος υπό αγγλική επιρροή, άλλαξε μεν θέση στο ζήτημα των βόρειων συνόρων επί το θετικότερον για την Ελλάδα αλλά αποφάσιζε συγχρόνως να ενισχύσει την ελληνική αντιπολίτευση ώστε να ανατραπεί ο κυβερνήτης.

Τον Ιούλιο του 1831 η διάσκεψη των τριών Δυνάμεων για το ελληνικό ζήτημα συνερχόταν εκ νέου στο Λονδίνο και αποφάσιζε την αποστολή σχεδίου οδηγιών προς τους πρέσβεις στην Πύλη. Σε αυτό θα ετίθετο επίσημα το ζήτημα της βελτίωσης των βόρειων ελληνικών συνόρων. Δυο μήνες αργότερα θα υπογραφεί στο Λονδίνο το συμπληρωματικό Πρωτόκολλο της 14ης / 26ης Σεπτεμβρίου 1831, το οποίο αναγνώριζε ρητά ότι η οριζόμενη στο Πρωτόκολλο της 3ης Φεβρουαρίου 1830 συνοριακή γραμμή της Ελλάδας «παρουσίαζε πολύ σοβαρά ελαττώματα εις τον δυτικόν τομέα της και δεν παρείχε τα μέσα προς εμπέδωσιν της αμοιβαίας ασφάλειας μεταξύ της Ελλάδος και της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας».

Οι τρεις Δυνάμεις συμφωνούσαν να προτείνουν στην Πύλη ως νέα συνοριακή γραμμή αυτήν από τον κόλπο του Βόλου στον κόλπο της Άρτας. Με σχετικές οδηγίες οι πρέσβεις τους στην Πύλη εντέλλονταν να πιέσουν την Πύλη για αποδοχή αυτής της συνοριακής γραμμής, η οποία άλλωστε είχε οριστεί με το πρότερο Πρωτόκολλο της 10ης Μαρτίου 1829 που η Πύλη είχε αποδεχθεί με τη Συνθήκη της Αδριανουπόλεως. Είναι προφανές για κάθε αναγνώστη: τα επιχειρήματα τα οποία περιλαμβάνονται σε αυτές τις οδηγίες αντλούνταν σαφέστατα από αυτά του Καποδίστρια, όπως είχαν εκφραστεί με τα υπομνήματά του. Χάρη στην αναβλητική τακτική του η Αιτωλοακαρνανία θα ενσωματώνονταν τελικά στο νέο κράτος.

Η εξωτερική πολιτική του Ι. Καποδίστρια είχε θριαμβεύσει. Οι έξοχοι χειρισμοί του για ανεξαρτησία και η στόχευση για ενσωμάτωση της Δυτικής Στερεάς Ελλάδας, είχαν καρποφορήσει. Και όμως. Δεκατρείς μέρες ύστερα από αυτόν τον διπλωματικό θρίαμβο, που οριστικοποίησε την ανεξαρτησία με σύνορα στη γραμμή Παγασητικού – Αμβρακικού, ελληνικά χέρια θα έκοβαν το νήμα της ζωής του κυβερνήτη.

Το νέο ελληνικό κράτος άρχιζε τη ζωή του με μια Επανάσταση που δεν ολοκληρώθηκε ποτέ και ένα έγκλημα οι συνέπειες του οποίου δεν μπορούν ακόμη να υπολογιστούν. Ο νέος εμφύλιος πόλεμος που ξέσπασε μετά τη δολοφονία του, θα κατέπαυε μόνο με τον ορισμό (με νέα πρωτόκολλα, το 1832) του Βαυαρού πρίγκιπα Όθωνος ως βασιλέα του νέου κράτους και μάλιστα υπό την επιτροπεία Αντιβασιλείας. Η ξενοκρατία είχε γεννηθεί.